Athena Academy

Setelah tujuh tahun berlalu, Yuuichi Aizawa kembali ke kota yang sering dikunjunginya semasa kecil. Kali ini, ia berstatus sebagai siswa pindahan di salah satu SMA di kota tersebut — sekolah yang sama dengan yang diikuti sepupunya, Nayuki Minase. 

Meskipun demikian, berbagai hal misterius kemudian mulai terjadi di sekitar Yuuichi. Dimulai dengan kehadiran seorang gadis misterius bernama Ayu Tsukimiya, berbagai karakter mulai bermunculan dengan latar belakang yang kabur — dan, secara tersirat, menyatakan bahwa mereka berhubungan dengan masa lalu Yuuichi di kota tersebut.

Kemunculan Makoto Sawatari, disusul dengan tampilnya Mai Kawasumi tak berapa lama kemudian, memaksa Yuuichi untuk menggali kembali kenangan masa lalunya. Ada sesuatu yang berkaitan dengan dua orang tersebut bertahun-tahun yang lalu — sesuatu yang, sayangnya, sudah dia lupakan seiring dengan berlalunya waktu…

Dan, seolah belum cukup, seorang anak bernama Shiori Misaka muncul di halaman belakang sekolahnya. Satu-satunya petunjuk yang diungkapkannya adalah bahwa ia menderita suatu penyakit berat — dan tujuannya datang adalah untuk menemukan “sesuatu” yang akan menjawab keinginannya.

Sebenarnya, apa yang menghubungkan antara Yuuichi dan keempat orang itu? Apa yang terjadi tujuh tahun lalu, ketika dia terakhir mengunjungi kota tersebut? Dan mengapa Makoto memiliki kebencian sendiri terhadapnya sejak awal mereka bertemu?

Semua pertanyaan inilah yang harus dijawab oleh Yuuichi. Perlahan-lahan, ia pun membuka kembali ingatan masa kecilnya…